CAMBIOS POLITICOS SIGLO XLX
Después del grito de la Independencia en 1810, comenzaron los problemas con la Iglesia Católica y en 1812 la comunidad franciscana abandonó a Medellín y no alcanzó a ocupar los edificios dejando la obra en mitad de camino. Por aquella época habían empezado a circular ideas de cambio e ilustración entre los criollos, quienes desde los cabildos organizaron la Junta Suprema de Gobierno de Antioquia e incidieron en la dirección y enseñanza del nuevo Colegio Provincial de Antioquia. Por ello se fundaron las cátedras de Gramática y Filosofía en Medellín, siguiendo el reglamento redactado por el doctor José Manuel Restrepo. El plan de estudios diseñado por Restrepo incluía materias novedosas para la época, que recogían los adelantos en las ciencias naturales, siguiendo la propuesta de los ilustrados españoles en los campos de la trigonometría, álgebra, física experimental, hidrostática,mecánica, astronomía y química. Al frente de la cátedra de filosofía se sucedieron el bachiller Miguel de Uribe Restrepo, el patriotaLiborio Mejía y el doctor José Félix de Restrepo.
Todo este esfuerzo por hacer llegar las luces del saber a Antioquia se vio manchado de sangre y miedo cuando la reconquista española llevó al castigo o al exilio a algunos de sus artífices. Concluidas las guerras de Independencia, un decreto sancionado el 9 de octubre de 1822, redactado por José Manuel Restrepo, secretario del general Francisco de Paula Santander, fue la base fundamental de la actual Universidad de Antioquia. Gracias a aquél, el edificio y las rentas del convento de los franciscanos pasaron al Colegio de Antioquia, uno de los llamados Colegios Santanderinos.